دانشگاه تهران دانش گیاهپزشکی ایران 2008-4781 50 2 2020 02 20 Molecular and phylogenetic characteristics of sunflower isolate of Bean ‎yellow mosaic virus ‎ ویژگی‌های مولکولی و تبارزایی جدایه آفتابگردان ویروس موزائیک زرد لوبیا 261 276 75911 10.22059/ijpps.2019.287135.1006901 FA محمد مرادی دانشجوی سابق کارشناسی ارشد بیماری‌شناسی گیاهی، گروه گیاهپزشکی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه ولی‌عصر(عج) ‏رفسنجان احمد حسینی استادیار، گروه گیاهپزشکی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه ولی‌عصر(عج) رفسنجان ثمین حسینی فرهنگی استادیار، گروه گیاهپزشکی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه ولی‌عصر(عج) رفسنجان Journal Article 2019 08 18 <em>Bean yellow mosaic virus</em> (BYMV) is one of the most important members of the genus <em>Potyvirus</em> that is distributed worldwide. In the present study, the complete genome sequence and molecular characteristics of a BYMV sunflower isolate (BYSun) from Iran has been reported. The complete nucleotide sequence of BYSun was determined using degenerate and specific primers and 5`-RACE. The viral genome comprises 9547 nucleotides, excluding a 3<sup>´</sup>-terminal poly (A) sequence. The genome of BYSun has a 206 nt 5´-non coding and a 171 nt 3´-non coding region. The RNA encodes a single polyprotein of 3056 amino acid residues and has a deduced genome organization typical for the members of the genus <em>Potyvirus</em> and nine cleavage sites of the polyprotein were predicted. The small overlapping ORF (PIPO) in the P3 gene was also deduced. When analyzed using the RDP4 program, at least one recombination breakpoint was identified in BYSun genome. BYSun along with 23 full-length sequences of BYMV isolates from Genbank were subjected to phylogenetic analysis that showed the highest nucleotide and amino acid sequence identitywith Australian isolate of BYMV-S isolated from Broad bean. Phylogenetic analysis of different BYMV isolates sequences revealed existence of six to eight phylogenetic groupings depending on parts of investigated genome. BYSun and BYMV-S grouped apart from other isolates and were placed within a distinct group, currently designated “S”. This is the first report of a full-length sequence of a BYMV isolate from Iran. ویروس موزائیک زرد لوبیا (<em>Bean yellow mosaic virus</em>, BYMV) از گونه‌های مهم جنس پوتی‌ویروس است که دارای گسترش جهانی می‌باشد.‌ در پژوهش حاضر ژنوم کامل یک جدایه ایرانی از این ویروس با نام اختصاری BYSun که برای اولین بار از آفتابگردان جداسازی شده است، توالی‌یابی شد و مورد بررسی قرار گرفت. برای تکثیر ژنوم تمام طول جدایه BYSun از سه راهکار کلی، بهره‌گیری از آغازگرهای دژنره و اختصاصی و تکثیر انتهای 5` با استفاده از روش 5` RACE استفاده گردید. اندازه آر ان ای ژنومی BYSun (بدون محاسبه دنباله (polyA 9547 نوکلئوتید تعیین شد که پلی­پروتئین بزرگی دارای 3056 اسیدآمینه را رمزگردانی می‌کند. در نواحی ترجمه‌نشدنی3'و5' به‌ترتیب 171 و 206 نوکلئوتید شناسایی شد. علاوه بر این، چارچوب خوانش PIPO نیز به‌صورت همپوشان در ناحیه P3 این جدایه مورد شناسایی قرار گرفت. بررسی با روش‌های مختلف در نرم‌افزار RDP4 نشان داد که جدایه BYSun دارای حداقل یک نوترکیبی در ژنوم خود می‌باشد. نتایج حاصل از مقایسه ترادف نوکلئوتیدی و اسیدآمینه‌ای ژنوم جدایه BYSun با ترادف‌ 23 جدایه موجود در بانک ژن نشان داد که جدایه استرالیایی BYMV-S که از باقلا جداسازی شده است بیشترین شباهت را با این جدایه دارد. در درخت‌های تبارزایی رسم شده بر اساس ترادف جدایه‌های مورد بررسی، جدایه‌های مختلف BYMV بسته به ناحیه ژنومی در شش تا هشت گروه قابل تفکیک هستند که جدایه BYSun به همراه جدایه استرالیایی در شاخه‌ای تحت عنوان S قرار می‌گیرند. جدایه BYSun اولین جدایه ایرانی ویروس موزائیک زرد لوبیا است که به صورت کامل تعیین ترادف شده است. https://ijpps.ut.ac.ir/article_75911_61f086c5d64c96e0f3c92b6ff72d80f8.pdf