مهدی مهرابی کوشکی؛ رضا فرخی نژاد
چکیده
در این پژوهش، 12 سویۀ بومی و 80 سویه از گونه‌های شناخته‌شدۀ سه جنس Allophoma،Didymella و Neodidymelliopsis گزینش شدند و در یک تجزیهوتحلیل تبارزایشی جهت همسنجی ناحیههای ژنی ITS، دومین D1 و D2 از زیرواحد بزرگ ژن ریبوزومی (D1/D2 LSU rDNA)، بتاتوبولین و RNA پلی‌مراز در جداسازی گونه‌ها استفاده شدند. ناحیههای ژنی سویه‌های بومی با به‌کارگیری DNA استخراج‌شده ...
بیشتر
در این پژوهش، 12 سویۀ بومی و 80 سویه از گونه‌های شناخته‌شدۀ سه جنس Allophoma،Didymella و Neodidymelliopsis گزینش شدند و در یک تجزیهوتحلیل تبارزایشی جهت همسنجی ناحیههای ژنی ITS، دومین D1 و D2 از زیرواحد بزرگ ژن ریبوزومی (D1/D2 LSU rDNA)، بتاتوبولین و RNA پلی‌مراز در جداسازی گونه‌ها استفاده شدند. ناحیههای ژنی سویه‌های بومی با به‌کارگیری DNA استخراج‌شده از زیست‌تودۀ میسیلیومی خشک‌انجمادی شده تکثیر و توالی‌یابی شدند. تجزیهوتحلیل تبارزایشی با به‌کارگیری الگوریتم درست‌نمائی بیشینه انجام شد. ناحیههای D1/D2 LSU rDNA، ITS، rpb2 و tub2 به ترتیب 0، 20، 43 و 46 گونه از 61 گونۀ مربوط به سه جنس موردبررسی را جداسازی کردند. در تجزیهوتحلیل تبارزایشی ترکیب ناحیههای ژنی، همۀ توالی‌های ترکیبی (ITS-tub2، ITS-rpb2، tub2-rpb2، ITS-tub2-rpb2 و ITS-28S-tub2-rpb2) توانستند، نزدیک به 49 گونه از 61 گونۀ موردبررسی را جدا کنند. نتیجهها نشان دادند که برای شناسایی و جداسازی دقیق گونه‌های Allophoma، Didymella و Neodidymelliopsis، توالی‌یابی و تجزیهوتحلیل تبارزایشی سه ناحیه ITS، tub2 و rpb2 در کنار بررسی‌های ریخت‌شناسی نیازین است. چنانچه به خاطر محدودیت‌های مالی یا زمانی در یک پژوهش، تنها تکثیر و توالی‌یابی یک ناحیه دلخواه باشد، ژنtub2 یا rpb2 بهترین نتایج را ارائه می‌کنند.
مهدی مهرابی کوشکی؛ مریم باورساد؛ رضا فرخی نژاد؛ مهدی جمشیدی؛ اشکان علی محمدی
چکیده
جنس Trichoderma قارچی تکنیائی است که بعضی از گونه‌های آن به‌عنوان عامل کنترل زیستی (بیوکنترل) شناخته میشوند. در این بررسی، یازده جدایه از هفت گونۀ Trichoderma شامل Trichoderma harzianum، T. capillare، T. pleuroticola، T. asperellum، T. koningiopsis،T. brevicompactum و T. virens برای بررسی ارتباط تبارزایی (فیلوژنتیکی) آنها با یکدیگر و با توالی گونه‌های مرجع ثبت‌شده در بانک ژن ...
بیشتر
جنس Trichoderma قارچی تکنیائی است که بعضی از گونه‌های آن به‌عنوان عامل کنترل زیستی (بیوکنترل) شناخته میشوند. در این بررسی، یازده جدایه از هفت گونۀ Trichoderma شامل Trichoderma harzianum، T. capillare، T. pleuroticola، T. asperellum، T. koningiopsis،T. brevicompactum و T. virens برای بررسی ارتباط تبارزایی (فیلوژنتیکی) آنها با یکدیگر و با توالی گونه‌های مرجع ثبت‌شده در بانک ژن و ISTH استفاده شد. تودۀ میسیلیومی رشدکرده در محیط PDB با استفاده از کاغذ صافی گردآوری و پس از خشک- انجماد کردن، DNA ژنگانی (ژنومی) آن استخراج شد. نواحی ITS-rDNA و اینترون 2، 3 و 4 از tef1α با استفاده از آغازگرهای عمومی و اختصاصی افزایش و توالی‌یابی شدند. بررسی تبارزایی با الگوریتم درست‌نمایی بیشینه و انتخاب مناسبترین مدل جانشینی نوکلئوتیدی با استفاده از نرمافزار MEGA 6 انجام شد. همۀ درختان تبارزایی حاصل، کلادهای معتبری برای بیشتر جدایهها تولید کردند که ارتباط به نسبت یکسانی را از آنها نشان داد. در همۀ درختان تبارزایی به‌جز درخت مبتنی بر داده‌های حاصل از توالی‌یابی ناحیة ITS، جدایههایT. koningiopsis و T. asperellum یک کلاد قاعدهای معتبر ایجاد کردند. نتیجۀ بررسی تبارزایی که بر پایۀ توالی نواحی مختلف tef1α، اینترون 2 و3، اینترون 4 و هر سه اینترون، برای گونه‌های T. brevicompactum، T.virens، T.koningiopsis و T.pleuroticola به دست آمد کلادهای معتبرتری نسبت به درخت حاصل از تجزیۀ توالی‌های ITS نشان داند. تجزیه و تحلیل درست‌نمایی بیشینه که بر پایۀ توالی اینترون 4 از tef1α انجام شد، کلادهای معتبری برای بیشتر جدایههای Trichoderma ازجمله T. asperellum ایجاد کرد. این نتایج تأیید میکند که تبارزایی مبتنی بر اینترون 4 از tef1α گروهبندی تبارزایی مناسبی برای گونه‌های تریکودرما فراهم میکند.
