مهدی مهرابی کوشکی؛ مریم باورساد؛ رضا فرخی نژاد؛ مهدی جمشیدی؛ اشکان علی محمدی
چکیده
جنس Trichoderma قارچی تکنیائی است که بعضی از گونه‌های آن به‌عنوان عامل کنترل زیستی (بیوکنترل) شناخته میشوند. در این بررسی، یازده جدایه از هفت گونۀ Trichoderma شامل Trichoderma harzianum، T. capillare، T. pleuroticola، T. asperellum، T. koningiopsis،T. brevicompactum و T. virens برای بررسی ارتباط تبارزایی (فیلوژنتیکی) آنها با یکدیگر و با توالی گونه‌های مرجع ثبت‌شده در بانک ژن ...
بیشتر
جنس Trichoderma قارچی تکنیائی است که بعضی از گونه‌های آن به‌عنوان عامل کنترل زیستی (بیوکنترل) شناخته میشوند. در این بررسی، یازده جدایه از هفت گونۀ Trichoderma شامل Trichoderma harzianum، T. capillare، T. pleuroticola، T. asperellum، T. koningiopsis،T. brevicompactum و T. virens برای بررسی ارتباط تبارزایی (فیلوژنتیکی) آنها با یکدیگر و با توالی گونه‌های مرجع ثبت‌شده در بانک ژن و ISTH استفاده شد. تودۀ میسیلیومی رشدکرده در محیط PDB با استفاده از کاغذ صافی گردآوری و پس از خشک- انجماد کردن، DNA ژنگانی (ژنومی) آن استخراج شد. نواحی ITS-rDNA و اینترون 2، 3 و 4 از tef1α با استفاده از آغازگرهای عمومی و اختصاصی افزایش و توالی‌یابی شدند. بررسی تبارزایی با الگوریتم درست‌نمایی بیشینه و انتخاب مناسبترین مدل جانشینی نوکلئوتیدی با استفاده از نرمافزار MEGA 6 انجام شد. همۀ درختان تبارزایی حاصل، کلادهای معتبری برای بیشتر جدایهها تولید کردند که ارتباط به نسبت یکسانی را از آنها نشان داد. در همۀ درختان تبارزایی به‌جز درخت مبتنی بر داده‌های حاصل از توالی‌یابی ناحیة ITS، جدایههایT. koningiopsis و T. asperellum یک کلاد قاعدهای معتبر ایجاد کردند. نتیجۀ بررسی تبارزایی که بر پایۀ توالی نواحی مختلف tef1α، اینترون 2 و3، اینترون 4 و هر سه اینترون، برای گونه‌های T. brevicompactum، T.virens، T.koningiopsis و T.pleuroticola به دست آمد کلادهای معتبرتری نسبت به درخت حاصل از تجزیۀ توالی‌های ITS نشان داند. تجزیه و تحلیل درست‌نمایی بیشینه که بر پایۀ توالی اینترون 4 از tef1α انجام شد، کلادهای معتبری برای بیشتر جدایههای Trichoderma ازجمله T. asperellum ایجاد کرد. این نتایج تأیید میکند که تبارزایی مبتنی بر اینترون 4 از tef1α گروهبندی تبارزایی مناسبی برای گونه‌های تریکودرما فراهم میکند.
