راحله شهبازی؛ رضا طلایی حسنلویی؛ مسعود نادرپور؛ علی مهرور؛ اکبر دیزجی؛ فاطمه فتوحی
چکیده
استفاده از روش‌های مبتنی بر اسیدنوکلئیک در شناسایی ویروس‌ها به دلیل ساختار کوچک ژنومی آن‌ها و تفاوت‌های جزئی در سطح نوکلئوتید بین جدایه‌ها یا استرین‌ها، از اهمیت زیادی برخوردار است. در پژوهش حاضر، لاروهای مرده و/یا بیمار از مزارع گوجه‌فرنگی مناطق مختلف جغرافیایی ایران جمع‌آوری و برای آلودگی باکولوویروسیHelicoverpa armigera Single nucleopolyhedrovirus ...
بیشتر
استفاده از روش‌های مبتنی بر اسیدنوکلئیک در شناسایی ویروس‌ها به دلیل ساختار کوچک ژنومی آن‌ها و تفاوت‌های جزئی در سطح نوکلئوتید بین جدایه‌ها یا استرین‌ها، از اهمیت زیادی برخوردار است. در پژوهش حاضر، لاروهای مرده و/یا بیمار از مزارع گوجه‌فرنگی مناطق مختلف جغرافیایی ایران جمع‌آوری و برای آلودگی باکولوویروسیHelicoverpa armigera Single nucleopolyhedrovirus (HearSNPV) با روش بهینه‌سازی شده بر اساس سدیم دودسیل سولفات برای استخراج OBs، بررسی شدند. واکنش زنجیره‌ای پلی‌مراز (PCR) با استفاده از دو جفت آغازگر اختصاصی (Polh-a, Polh-b) طراحی شده بر اساس ناحیه حفاظت شده ژن پلی‌هدرین(Polh) برای 26 جدایه ثبت شده از ویروس Hear/H. zea-SNPV انجام یافت. آلودگی به HearSNPVبا تکثیر باندهای مونومورفیک 370 و 790 نوکلئوتیدی در 28 لارو تایید شد. همسانه‌سازی و تعیین توالی نوکلئوتیدی باندهای تکثیر شده، تعلق آن‌ها به ژن Polhویروس چندوجهی‌هسته‌ای گونه‌هایarmigera H. و H. zea با شباهت بیش از 6/99 درصد را نشان داد. تجزیه و تحلیل تبارزایی جدایه‌های ایرانی HearSNPV همراه با سایر جدایه‌های ثبت شده از این ویروس در دنیا، جدایه‌های ایرانی را در گروه II آلفاباکولوویروس‌ها طبقه‌بندی و کارایی بیشتر روش توسعه داده شده را اثبات کرد. پژوهش حاضر اولین گزارش از معرفی و شناسایی مولکولی جدایه‌های ایرانی HearSNPV با به کارگیری تکنینک PCR و DNA ویروس از لاروهای با هویت نامشخص بیمارگر، می‌باشد. با توجه به حصول اطمینان از موثر و مفید بودن این روش در غربال‌گری سریع لاروهای حشرات از نظر آلودگی به این ویروس و بررسی تبارزایش، بهره‌مندی از آن در پژوهش‌های آتی توصیه می‌گردد.
مهدی آذریار؛ محمد حاجی زاده؛ عبدالباسط عزیزی؛ مسعود نادرپور
چکیده
شمار 149 نمونۀ برگی از درختان میوۀ هسته‌دار و دانه‌دار استان کردستان هنگام بهار و تابستان سال‌های 1394 و 1396 به‌منظور شناسایی مولکولی و بررسی گوناگونی ژنتیکی عامل لکه حلقوی بافت مردۀ درختان هسته‌دار جمع‌آوری شدند و با آغازگرهای اختصاصی ژن پروتئین پوششی PNRSV-F3/PNRSV-R3 آزمون RT-PCR شدند. نتیجهها RT-PCR نشان دادند که 8/20 درصد از نمونه‌ها آلوده ...
بیشتر
شمار 149 نمونۀ برگی از درختان میوۀ هسته‌دار و دانه‌دار استان کردستان هنگام بهار و تابستان سال‌های 1394 و 1396 به‌منظور شناسایی مولکولی و بررسی گوناگونی ژنتیکی عامل لکه حلقوی بافت مردۀ درختان هسته‌دار جمع‌آوری شدند و با آغازگرهای اختصاصی ژن پروتئین پوششی PNRSV-F3/PNRSV-R3 آزمون RT-PCR شدند. نتیجهها RT-PCR نشان دادند که 8/20 درصد از نمونه‌ها آلوده به PNRSV بودند. سیزده جدایه بر پایۀ نوع میزبان و منطقۀ جغرافیایی گزینش و پس از تکثیر و پیوست بخشی از ژن پروتئین پوششی آن‌ها به پلاسمید pTG-19 و همسانه‌سازی در باکتری E. coli تعیین توالی شدند. توالی‌های به‌دست‌آمده در سطح نوکلئوتیدی به‌طور میانگین 002/0 ± 9/98 درصد با یکدیگر و 006/0 ± 4/94 درصد با دیگر جدایه‌های موجود در بانک ژن همانندی نوکلئوتیدی نشان دادند. در واکاوی تبارزایی بر پایۀ ترادف نوکلئوتیدی جدایه‌های PNRSV در سه گروه تبارزایی PV96، PV32 و PE5 قرار گرفتند که سیزده جدایۀ این پژوهش به همراه بیشتر جدایه‌های ایرانی در گروه تبارزایی PV96 قرار گرفتند. بیشترین همانندی نوکلئوتیدی میان جدایه‌های هلو از کامیاران (KH10)، زردآلو از سنندج (SZ93) و هلو از دهگلان (D7) با جدایۀ شلیل از ایران (KX353935) با 98 درصد و کمترین همانندی نوکلئوتیدی میان جدایۀ زردآلو از سنندج (SZ26) با جدایۀ آلو از لهستان (DQ983499) با 6/83 درصد همانندی دیده شد. نسبت‌های کم جانشینی مترادف به غیر مترادف (dN/dS) در ژن پروتئین پوششی این ویروس روشنگر این نکته است که گزینش منفی نقش بزرگی را در فرگشت این ژن بازی کرده است و بررسی نوترکیبی با نرم‌افزار RDP v.4.63 نیز نشان داد که در جدایه‌های موردبررسی در این پژوهش نوترکیبی در این بخش از ژنوم رخ نداده است.
