جمشید سلطانی ایدلیکی؛ محسن مهرور؛ سید باقر محمودی
چکیده
ویروس سوختگی سیاه برگ چغندرقند (Beet black scorch virus, BBSV) ازجمله ویروس‌های خاک‌برد چغندرقند است. در این تحقیق، 80 نمونه چغندرقند از مزارع خراسان رضوی و شمالی جمع‌آوری شد. پس از استخراج RNAی کل آن‌ها، ناحیه 3'UTR ژنوم ویروس به تعداد 315 نوکلئوتید با استفاده از واکنش زنجیره‌ای پلیمراز با رونویسی معکوس و بهره‌گیری از آغازگرهای اختصاصی رفت و برگشتی ...
بیشتر
ویروس سوختگی سیاه برگ چغندرقند (Beet black scorch virus, BBSV) ازجمله ویروس‌های خاک‌برد چغندرقند است. در این تحقیق، 80 نمونه چغندرقند از مزارع خراسان رضوی و شمالی جمع‌آوری شد. پس از استخراج RNAی کل آن‌ها، ناحیه 3'UTR ژنوم ویروس به تعداد 315 نوکلئوتید با استفاده از واکنش زنجیره‌ای پلیمراز با رونویسی معکوس و بهره‌گیری از آغازگرهای اختصاصی رفت و برگشتی تکثیر شد. این ناحیه در شش جدایه مختلف پس از همسانه سازی، توالی‌یابی و در NCBI ثبت شدند. نتایج بررسی خویشاوندی این جدایه‌ها (بر اساس (3'UTR با کل جدایه‌های ثبت‌شده در بانک جهانی نشان داد که آن‌ها در دو گروه عمده I و II قرار می‌گیرند به‌طوری‌که هر یک به دو زیرگروه تقسیم می‌شوند. شش جدایه این بررسی با 23 جدایه از نقاط مختلف ایران در زیرگروه IA و چهار جدایه دیگر از خراسان در زیرگروه IB جای گرفتند. سه جدایه از کرمانشاه و یک جدایه از همدان (Ir-KSh5,Ir-KSh4 Ir-KSh6 و Ir-Ha2) در زیرگروه IIA قرار گرفتند. چهار جدایه از کرمانشاه Ir-KSh9,Ir-KSh8,Ir-KSh7) و Ir-KSh10) به همراه جدایه‌های چینی، اروپایی و آمریکایی زیرگروه IIB را تشکیل دادند. نتایج مقایسه نوکلئوتیدی توالی شش جدایه نشان داد که اگرچه تغییر نوکلئوتیدی مهم در موقعیت 3477 (یوریدین بجای گوانین) صورت نگرفته است، اما در موقعیت 3398 آدنین جایگزین گوانین و در موقعیت 3393 فقط در جدایه فریمان (MW274750) یوریدین بجای سیتوزین جایگزین شده است. نتایج مقایسه میانگین شباهت نوکلئوتیدی ناحیه 3'UTR این جدایه‌ها نشان داد که با جدایه‌های ایرانی (به غیر از جدایه-های کرمانشاه با 52/92 درصد) در دامنه بین 75/98-37/97 درصد مشابهت دارند.
