c3518cb17d976b8

نویسندگان

1 دانشجوی سابق کارشناسی ارشد، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج

2 دانشیار، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج

3 استاد پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج و عضو هیأت علمی دانشگاه آزاد اسلامی، واحد اسلامشهر

4 استادیار پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج

چکیده

به منظور تعیین تنوع ژنتیکی Pyricularia grisea، 35 جدایه تک اسپور بر اساس انگشت‌نگاری DNA به روش rep-PCR و شناسایی گروه‌های سازگاری رویشی در این تحقیق استفاده شدند. جدایه‌ها در سالهای 1376-1378 از خوشه‌های آلوده به بیماری بلاست مزارع برنج استان گیلان جمع‌آوری گردید. برای تعیین تنوع ژنتیکی و شناسایی دودمان‌های کلونی پراکنده در جمعیت قارچ، از دو آغازگر طراحی شده بر اساس توالی نوکلئوتیدهای قطعه ERIC و BOX، استفاده گردید. قطعات DNA با طولی بین 400 تا 2500 جفت باز تکثیر شدند. چهار دودمان کلونی در بین جدایه‌ها شناسایی و با حروف A، B، C و D مشخص شدند. دودمان کلونی A با فراوانی حدود 28/74% دودمان کلونی غالب را تشکیل داد. برای شناسایی گروه‌های سازگاری رویشی، جهش یافتگان nit‌ در محیط حداقل حاوی 5% کلرات جداسازی و آزمونهای مکمل سازی جهش یافته‌های nit در تمام حالات ممکن روی محیط حداقل انجام شد. چهار گروه سازگاری رویشی VCG1، VCG2، VCG3 و VCG4 در بین جدایه‌ها تشخیص داده شد. گروه VCG3 با 14 جدایه، گروه غالب بود. در این تحقیق نشان داده شد که نتایج جدایه‌های به دست آمده از برنج که چهار گروه سازگاری رویشی تشکیل دادند، در تعیین تنوع ژنتیکی به روش مولکولی از یکدیگر با بیش از 80 % شباهت تفکیک شدند و بیشترین تعداد جدایه‌های VCG3 در دودمان کلونی A قرار داشتند. هر دو روش نشان داد که تنوع ژنتیکی کمی در درون جمعیت قارچ بر روی برنج وجود دارد.

کلیدواژه‌ها

عنوان مقاله [English]

Study on Population Structure of Pyricularia grisea Isolated from Rice, Based on rep-PCR DNA Fingerprinting and Identification of VCGs

نویسندگان [English]

  • Parastou Motalebi 1
  • Mohammad Javan-Nikkhah 2
  • Seyed Mahmoud Okhovat 3
  • Khalil Berdi Fotouhifar 4

چکیده [English]

Thirty five monoconidial isolates of the fungal culture collection Pyricularia grisea were examined, to identify the vegetative compatibility groups and characterize the genetic diversity of isolates as through rep-PCR genomic fingerprinting. The isolates were collected from ricefields during 1997-1999. Genetic diversity of P. grisea isolates was studied as based on DNA fingerprinting through rep-PCR using two primers previously designed based on the nucleotidal sequence in ERIC and BOX regions. They generated variable length fragments ranging from 400 to 2500 bp. Phenetic analysis let to differentiation of four distinct clonal lineages designated as A to D. Clonal lineage A with 74.28% frequency, constituted the largest fingerprinting group. For VCG analyses nit mutants were obtained from fast growing sectors on Minimal Medium (MM) containing 5% potassium chlorate. Complementation between nit mutants of isolates was tested on MM. Four vegetative compatibility groups were determined including VCG1, VCG2, VCG3 and VCG4. Group VCG3 comprised of 14 isolates was the dominant VC group among others. This study revealed that isolates obtained from rice were designated in the four VC groups forming heterokaryon with each other; however these isolates were separated with more than 80% similarity from each other using rep-PCR marker with most of isolates being VCG3 were determined in A clonal lineage. Both VCGs and rep-PCR analyses determined low genetic diversity in P. grisea population from rice.

کلیدواژه‌ها [English]

  • Clonal lineage
  • Haplotype
  • Nit mutant
  • Rice blast