ساختار فیلوژنتیکی گونۀTrichoderma harzianum جداشده از برخی اقلیم‌های ایران

کریمیان, بهار; جوان نیکخواه, محمد; ظفری, دوستمراد; بردی فتوحی‌فر, خلیل; نعیمی, شهرام

doi:10.22059/ijpps.2014.52248

ساختار فیلوژنتیکی گونۀTrichoderma harzianum جداشده از برخی اقلیم‌های ایران

نوع مقاله : مقاله پژوهشی

نویسندگان

¹ دانشجوی دکتری، گروه گیاه‌پزشکی، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران

² استاد، گروه گیاه‌پزشکی، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران

³ دانشیار،گروه گیاه‌پزشکی دانشکدۀ کشاورزی دانشگاه بو علی سینا، همدان

⁴ استادیار، گروه گیاه‌پزشکی، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران

⁵ استادیار مؤسسۀ تحقیقات گیاه‌پزشکی کشور، آمل

10.22059/ijpps.2014.52248

چکیده

استرین‌های قارچ Trichoderma harzianum به‌دلیل کاربرد در کنترل بیولوژیک بیماری‌های گیاهی و تأثیر بر زندگی بشر، اهمیت فراوانی دارند. در تحقیق حاضر، ساختار فیلوژنتیکی این گونه به‌دست‌آمده از مناطق جغرافیایی مختلف و زیستگاه‌های متنوع در برخی اقلیم‌های ایران (NC، SCD و CSW) بررسی شد. به‌منظور بررسی و غربال اولیه، انگشت‌نگاری 239 جدایۀ به‌دست‌آمده از جنس Trichoderma با استفاده از نشانگر RAPD-PCR انجام گرفت. براساس گروه‌بندی انجام‌گرفته، تعدادی جدایه از هر گروه به‌منظور تعیین توالی ناحیۀ ITS1-5.8 s-ITS2 از rDNA انتخاب شدند. در مجموع، 176 جدایه از گونۀ T. harzianum به‌دست آمد. از این میان، 76 جدایه که برای ناحیۀ ITS آنها تعیین توالی انجام گرفته بود، با روش ماکسیمم پارسیمونی تجزیه‌وتحلیل فیلوژنتیکی شدند. در نتیجه، این جدایه‌ها در 10 فیلوتیپ (phylotype) جای گرفتند. فیلوتیپ A با یک جدایه (4414) نمایندۀ آالل جدیدی از ITS در گونۀ T.harzianum می‌باشد، که بومی ایران است. یافتن این آلل منحصر به فرد در اقلیم CSW در شمال ایران، می‌تواند بیانگر تأثیر این شرایط اقلیمی در ظهور این آلل جدید در گونۀ T. harzianum باشد.

کلیدواژه‌ها

20.1001.1.20084781.1393.45.1.6.3

عنوان مقاله [English]

Phylogenetic structure of T. harzianum s. l. from some climates of Iran

نویسندگان [English]

Bahar Karimian ¹
Mohammad Javan Nikkhah ²
Doostmorad Zafari ³
Khalil Fotoohifar ⁴
Shahram Naiemi ⁵

چکیده [English]

Strains of Trichoderma harzianum s. l. have a great importance because of affecting mankind by being used as biological control agents against plant pathogens. In the present study, we planned to characterize the phylogenetic structure of T. harzianum recovered from different geographical origins and various habitats in some climates of Iran (NC, SCD, CSW). In order to screen 239 collected Trichoderma isolates, the strains were pre-screened by RAPD-PCR, and representatives were selected for sequencing of ITS1-5.8 s-ITS2 genomic region. Totally, 176 T. harzianum isolates were obtained. Fourteen phylotypes were found as a result of maximum parsimony analysis of 76 ITS1 and ITS2 sequences related to T. harzianum, including one single-member phylotype representing a novel ITS allele for T. harzianum, endemic to Iran. Finding a unique ITS allele of T. harzainum in climate CSW may be an indicative of the effective role of this kind of climatic conditions on arising this new ITS allele.

کلیدواژه‌ها [English]