c3518cb17d976b8

نوع مقاله : مقاله پژوهشی

نویسندگان

1 استادیار بیماری‏ شناسی گیاهی، گروه گیاه‌پزشکی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید چمران اهواز، ایران

2 استاد بیماری‏ شناسی گیاهی، گروه گیاه‌پزشکی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه فردوسی مشهد، ایران

3 دانشیار بیماری‏ شناسی گیاهی، گروه گیاه‌پزشکی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه فردوسی مشهد، ایران

چکیده

بعضی سویه‏های تریکودرما به عنوان عامل کنترل بیولوژیک علیه بیمارگرهای گیاهی استفاده شده‌اند. روش نمایش افتراقی تکثیر نسخه‏های معکوس mRNA (DDRT-PCR) استفاده شد تا ژن‏های متمایز بیان‌شدة سویة T. harzianum T7 در طول مراحل کلونیزه‌شدن اسپرموسفر و سطح ریشه گوجه ‏فرنگی ردیابی شود. تولیدات DDRT-PCR روی ژل ‏آگارز تفکیک و 42 باند افتراقی برش خالص‏سازی، همسانه ‏سازی و توالی‏یابی شد. قطعه ‏توالی‏ های بیان‌شده به‌دست آمده با استفاده از جست‌وجوی BLAST2GO به پایگاه اطلاعات NCBI معرفی و نسب‏شناسی ژنی آنها بررسی شد. اغلب قطعه‏ توالی‏های بیان‌شده‏ مرتبط با پروتئین‏های شناخته شده یا فرضی بود. این پروتئین‏ها مرتبط با گروه‏ های کارکردی مختلف بودند و عمدتاً در سوخت‌وساز، انتقال سیگنال درون و بین‌سلولی، برهم‌کنش با میزبان، انتقال پروتئین، ترجمة پروتئین‏ها، کنترل رشد و بقای سلولی، عادت به تغییرات محیطی، انتقال مولکول‏های زیستی بین هسته و سیتوپلاسم، تنظیم کارکرد پروتئین‏ها، تقسیم سلولی، تسریع در واکنش‏های آنالوگ، تعمیر مولکول‏های آسیب‌دیده DNA و دیگر کارکردهای حیاتی در موجودات مختلف نقش داشتند. بعضی قطعه ‏توالی‏های بیان‌شده ردیابی‌شده در این مطالعه مرتبط با ژن‏هایی بودند که آنزیم‏های درگیر در تأمین غذایی تریکودرما را در زیستگاه‌شان کد می‏کنند.

کلیدواژه‌ها

عنوان مقاله [English]

Gene ontology of Trichoderma harzianum differential ESTs during colonization of tomato spermosphere and rhizoplane

نویسندگان [English]

  • Mehdi Mehrabi-Koushki 1
  • Hamid Rouhani 2
  • Esmat Mahdikhani moghaddam 3

2 Professor of Ferdowsi University of Mashhad

3 Ferdowsi University of mashhad

چکیده [English]

Some Trichoderma strains are used as biocontrol agents against phytopathogens. Differential display reverse transcriptase PCR has been developed to detect differentially expressed genes of T. harzianum T7 during colonization stages of tomato spermosphere and rhizoplane. DDRT-PCR products were diplayed on gel and 62 differential bands excised, purified, cloned, and sequenced. Obtained ESTs were submit-queried to NCBI database by BLAST2GO search and evaluated their gene ontology. Most of the transcripts corresponded to known or hypothetical proteins. These proteins correspond to different functional groups, which play role in metabolism, signaling both within and between cells, host interaction, protein transport, translation, controlling of cell growth and survival, adaptation to environmental variables, transportation of biomolecules between nucleus and cytoplasm, regulating protein function, cell division, catalyzing analogous reactions, repairing damaged DNA molecules, and other vital functions in different organisms. Some of the detected ESTs in this study corresponded to genes encodes enzymes potentially involved in nutritional support of Trichoderma in its ecological niches.

کلیدواژه‌ها [English]

  • BLAST2GO
  • ESTs
  • DDRT-PCR and Gene Function