حمیده حسن پور؛ سیده عاطفه حسینی؛ مهدی جهانی
چکیده
کلزا با نام علمی (Brassica napus) یکی از اعضای خانواده Brassicaceae(خردل یا خانواده کلم) با گل‌های زردرنگ می‌باشد، که عمدتاً به دلیل داشتن دانه‌های غنی از روغن کشت می‌شود. ویروس موزاییک شلغم (Turnip mosaic virus) از شایع‌ترین و مهم‌ترین بیماری‌های ویروسی کلزا در دنیا به‌شمار می‌آید. در فروردین و اردیبهشت‌ماه 1397، به‌منظور شناسایی مولکولی ویروسهای ...
بیشتر
کلزا با نام علمی (Brassica napus) یکی از اعضای خانواده Brassicaceae(خردل یا خانواده کلم) با گل‌های زردرنگ می‌باشد، که عمدتاً به دلیل داشتن دانه‌های غنی از روغن کشت می‌شود. ویروس موزاییک شلغم (Turnip mosaic virus) از شایع‌ترین و مهم‌ترین بیماری‌های ویروسی کلزا در دنیا به‌شمار می‌آید. در فروردین و اردیبهشت‌ماه 1397، به‌منظور شناسایی مولکولی ویروسهای جنس Potyvirus، تعداد 66 نمونه برگی از شهرستانهای سرایان، فردوس، سه قلعه و آیسک در استان خراسان جنوبی جمع‌آوری شد. این نمونه‌ها دارای علائم مشکوک ویروسی نظیر زردی، کوتولگی، موزاییک، چروکیدگی برگی بودند. برای شناسایی ویروس، آر. ان. ای کل، با استفاده از کیت شرکت دنازیست استخراج و دی. ان. ای مکمل از روی آر. ان. ای ویروسی ساخته شد. سپس با استفاده از یک جفت آغازگر دژنره مربوط به جنس پتی ویروس به نام CIR/CIF که منطبق بر قسمتی از ناحیه ژن کدکننده پروتئین CI بود، قطعه‌ای به طول ۶۸۰ جفت باز در ۱۲ نمونه کلزا تکثیر و تعیین توالی شد که شباهت بالایی به ویروس موزاییک شلغم داشت. سپس این نمونه‌ها، با آغازگر اختصاصی ژن پروتئین پوششی ویروس موزاییک شلغم (TuMVF/TuMVR)، آزمایش شدند، که نهایتا منجر به تکثیر قطعه ای به طول ۹۸۰ جفت باز در هشت نمونه گردید. نتایج تعیین توالی نشان داد که هشت نمونه گیاهی کلزا به ویروس TuMV آلوده می‌باشند. در نهایت شش نمونه که خوانش آنها به صورت کامل انجام شده بود، در بررسی‌های تبارزایی بر مبنای توالی پروتئین پوششی مورد استفاده قرار گرفت. بررسی‌های نوترکیبی نشان از وجود دو نمونه نوترکیب داشت که از بررسی تبارزایی حذف شد. چهار جدایه ایرانی غیر نوترکیب در گروه Asian BRو در مجاورت سایر جدایه‌های آسیا قرار گرفتند. تشابه توالی نوکلئوتیدی در ناحیه پروتئین پوششی در بین گونه‌های این تحقیق ۹۵-۹۰ درصد تعیین گردید. بررسی‌های نوترکیبی نشان داد که در دو جدایه ویروس موزاییک شلغم مطالعه‌شده در این تحقیق به نام‌های CSe55 و CSe39 نوترکیبی محتمل است. همچنین بررسی‌های تنوع نوکلئوتیدی جدایه‌ها بانرم افزار DnaSPو منفی بودن آزمون آماری Tajima’s D به این معنی است که انتخاب در جهت متنوع شدن و بزرگ شدن جمعیت رخ داده است. تحقیق حاضر اولین گزارش از وقوع این ویروس در مزارع کلزا استان خراسان جنوبی و اولین بررسی مولکولی و تبارزایی جدایه‌های ویروس مذکور در مزارع کلزا می‌باشد.
مهدی آذریار؛ محمد حاجی زاده؛ عبدالباسط عزیزی؛ مسعود نادرپور
چکیده
شمار 149 نمونۀ برگی از درختان میوۀ هسته‌دار و دانه‌دار استان کردستان هنگام بهار و تابستان سال‌های 1394 و 1396 به‌منظور شناسایی مولکولی و بررسی گوناگونی ژنتیکی عامل لکه حلقوی بافت مردۀ درختان هسته‌دار جمع‌آوری شدند و با آغازگرهای اختصاصی ژن پروتئین پوششی PNRSV-F3/PNRSV-R3 آزمون RT-PCR شدند. نتیجهها RT-PCR نشان دادند که 8/20 درصد از نمونه‌ها آلوده ...
بیشتر
شمار 149 نمونۀ برگی از درختان میوۀ هسته‌دار و دانه‌دار استان کردستان هنگام بهار و تابستان سال‌های 1394 و 1396 به‌منظور شناسایی مولکولی و بررسی گوناگونی ژنتیکی عامل لکه حلقوی بافت مردۀ درختان هسته‌دار جمع‌آوری شدند و با آغازگرهای اختصاصی ژن پروتئین پوششی PNRSV-F3/PNRSV-R3 آزمون RT-PCR شدند. نتیجهها RT-PCR نشان دادند که 8/20 درصد از نمونه‌ها آلوده به PNRSV بودند. سیزده جدایه بر پایۀ نوع میزبان و منطقۀ جغرافیایی گزینش و پس از تکثیر و پیوست بخشی از ژن پروتئین پوششی آنها به پلاسمید pTG-19 و همسانه‌سازی در باکتری E. coli تعیین توالی شدند. توالی‌های به‌دست‌آمده در سطح نوکلئوتیدی به‌طور میانگین 002/0 ± 9/98 درصد با یکدیگر و 006/0 ± 4/94 درصد با دیگر جدایه‌های موجود در بانک ژن همانندی نوکلئوتیدی نشان دادند. در واکاوی تبارزایی بر پایۀ ترادف نوکلئوتیدی جدایه‌های PNRSV در سه گروه تبارزایی PV96، PV32 و PE5 قرار گرفتند که سیزده جدایۀ این پژوهش به همراه بیشتر جدایه‌های ایرانی در گروه تبارزایی PV96 قرار گرفتند. بیشترین همانندی نوکلئوتیدی میان جدایه‌های هلو از کامیاران (KH10)، زردآلو از سنندج (SZ93) و هلو از دهگلان (D7) با جدایۀ شلیل از ایران (KX353935) با 98 درصد و کمترین همانندی نوکلئوتیدی میان جدایۀ زردآلو از سنندج (SZ26) با جدایۀ آلو از لهستان (DQ983499) با 6/83 درصد همانندی دیده شد. نسبت‌های کم جانشینی مترادف به غیر مترادف (dN/dS) در ژن پروتئین پوششی این ویروس روشنگر این نکته است که گزینش منفی نقش بزرگی را در فرگشت این ژن بازی کرده است و بررسی نوترکیبی با نرم‌افزار RDP v.4.63 نیز نشان داد که در جدایه‌های موردبررسی در این پژوهش نوترکیبی در این بخش از ژنوم رخ نداده است.
سید سجاد ذبیحی؛ ثمین السادات حسینی؛ احمد حسینی
چکیده
ویروس وای سیب‌زمینی (Potato virus Y, PVY) یکی از ویروسهای مهم زیانبار با دامنۀ میزبانی گسترده است. در این پژوهش با توجه به شناسایی ویروس وای سیب‌زمینی و جداسازی آن از کشتزارهای شلغم استان خوزستان در سال زراعی 1392، ویژگیهای سه جدایۀ انتخابی از شهرستانهای دزفول، شوشتر و شوش (7Tu، 9Tu و 10Tu) بررسی شد. در آزمون تعیین دامنۀ میزبانی، سه جدایه ...
بیشتر
ویروس وای سیب‌زمینی (Potato virus Y, PVY) یکی از ویروسهای مهم زیانبار با دامنۀ میزبانی گسترده است. در این پژوهش با توجه به شناسایی ویروس وای سیب‌زمینی و جداسازی آن از کشتزارهای شلغم استان خوزستان در سال زراعی 1392، ویژگیهای سه جدایۀ انتخابی از شهرستانهای دزفول، شوشتر و شوش (7Tu، 9Tu و 10Tu) بررسی شد. در آزمون تعیین دامنۀ میزبانی، سه جدایه روی گیاهانی متعلق به سه خانوادۀ Solanaceae، Chenopodiaceae و Amaranthaceae، به‌صورت مکانیکی مایهزنی شدند. هر سه جدایه روی سیب‌زمینی، گوجه‌فرنگی، فلفل، تاتوره و گل تکمه‌ای نشانه‌های موضعی و فراگیر (سیستمیک) ایجاد کردند ولی روی بوته‌های سلمه‌تره، نشانه‌هایی مشاهده نشد. در آزمون SDS-PAGE، دو باند با اندازۀ حدود 33 و 31 کیلودالتونی در آمودۀ خالص‌شدۀ هر سه جدایۀ خالص‌سازی‌شده مشاهده شد. برای تعیین سویۀ جدایه‌های انتخابی از جفت آغازگرهای اختصاصی سویۀ PVY (CF/OR, NF/NR, OF/OR و PVY3TIM/PVNIBIP) که بر پایۀ ناحیۀ (CP) طراحی شده‌اند استفاده شد. در آزمون PCR با آغازگرهای اختصاصی سویۀ O (OR/OF) و سویۀ NTN (PVY3TIM وPVNIBIP) به ترتیب دو قطعۀ 608 و 1200 جفت بازی در هر سه جدایه افزایش شد. در ادامه، ناحیۀ CP هر سه جدایه، افزایش، همسانه‌سازی و توالییابی شد. درنهایت با استفاده از مجموع نتایج به‌دست‌آمده از آزمونهای زیستی (بیولوژیکی) و بررسی توالی نوکلئوتیدی و آمینواسیدی مشخص شد که جدایه‌های 7Tu، 9Tu و 10Tu جداشده از کشتزارهای شلغم استان خوزستان بیشترین همسانی را با سویه‌های NTN و W ویروس PVY دارند. این نخستین گزارش از شناسایی ویروس وای سیب‌زمینی در کشتزارهای شلغم است.
شیرین پریزاد؛ اکبر دیزجی؛ مینا کوهی حبیبی؛ غلامحسین مصاحبی محمدی؛ سیامک کلانتری؛ فاطمه ایزدپناه
چکیده
پس از نمونه‌برداری تصادفی از برگ‌ها و بنه‌های گیاه زعفران (Crocus sativus L.) از شش استان کشور در سال‌های 1390 تا 1394، شمار 641 از 890 نمونه با آنتی‌بادیهای عمومی جنس پوتیویروس و همان‌طور با آنتیبادی اختصاصی ویروس موزاییک معمولی لوبیا(BCMV) در آزمون الایزا واکنش مثبت نشان داد. وزن مولکولی پروتئین پوششی (CP) چند جدایة مورد بررسی پوتیویروس ...
بیشتر
پس از نمونه‌برداری تصادفی از برگ‌ها و بنه‌های گیاه زعفران (Crocus sativus L.) از شش استان کشور در سال‌های 1390 تا 1394، شمار 641 از 890 نمونه با آنتی‌بادیهای عمومی جنس پوتیویروس و همان‌طور با آنتیبادی اختصاصی ویروس موزاییک معمولی لوبیا(BCMV) در آزمون الایزا واکنش مثبت نشان داد. وزن مولکولی پروتئین پوششی (CP) چند جدایة مورد بررسی پوتیویروس زعفران با استفاده از آزمون وسترن بلات 35 کیلو دالتون محاسبه شد. پس از استخراج آر.ان.ا کل از گیاهان آلوده، سه قطعه منقطع از ژنوم (مربوط به انتهای '3 ژنوم و بخشی از نواحی CI و HC-Pro) تکثیر شد. پروتئین پوششی (CP) پوتیویروس زعفران بر پایة توالی نوکلئوتیدی بیشترین یکسانی را (74 درصد) با Ceratobium mosaic virus و Telosma mosaic virus و بر پایة توالی ترجمة اسیدآمینه‌ای بیشترین یکسانی را (8/78 درصد) با Bean common mosaic necrosis virus داشت. به‌رغم رابطة سرم‌شناختی (سرولوژیکی) بالای این پوتیویروس با BCMV و خویشاوندی تبارزایی (فیلوژنتیکی) با زیرگروه BCMV بر پایة ناحیة CP، میزان یکسانی توالی نوکلئوتیدی و ترجمه اسید آمینهای پروتئین پوششی آن کمتر از آستانة تعیین حدود و گسترة گونه در جنس پوتیویروس است. لذا به‌احتمال‌زیاد پوتیویروس آلوده‌کنندة زعفران گونة جدیدی از جنس پوتیویروس بوده که اظهارنظر قطعی مستلزم تعیین توالی کل ژنوم آن است.
ثمین السادات حسینی فرهنگی؛ استفان وینتر؛ غلامحسین مصاحبی؛ مینا کوهی حبیبی؛ نورالدین هابیلی
دوره 41، شماره 1 ، شهریور 1389
چکیده
ویروس رگه‌ای توتون (Tobacco streak virus) متعلق به جنس ایلارویروس (Ilarvirus) بوده و به طیف وسیعی از گیاهان از جمله آفتابگردان (Helianthus annus) که یکی از گیاهان دانه روغنی مهم در بسیاری از کشورها می‌باشد خسارت وارد می‌کند. در این تحقیق در سال 2008 دو جدایه آفتابگردان و یک جدایه باقلا به ترتیب جدا شده از مزارع ایران، هند و سودان، جمع‌آوری شد و برخی از خصوصیات ...
بیشتر
ویروس رگه‌ای توتون (Tobacco streak virus) متعلق به جنس ایلارویروس (Ilarvirus) بوده و به طیف وسیعی از گیاهان از جمله آفتابگردان (Helianthus annus) که یکی از گیاهان دانه روغنی مهم در بسیاری از کشورها می‌باشد خسارت وارد می‌کند. در این تحقیق در سال 2008 دو جدایه آفتابگردان و یک جدایه باقلا به ترتیب جدا شده از مزارع ایران، هند و سودان، جمع‌آوری شد و برخی از خصوصیات مولکولی و بیولوژیکی آنها مورد مقایسه قرار گرفت. وزن مولکولی پروتئین پوششی سه جدایه با استفاده از روش SDS-PAGE، 9/30 کیلودالتون تعیین شد. آزمون وسترن بلات این نتایج را تأیید کرد. در شرایط آزمایشگاهی ویروس قادر به آلوده سازی در برخی گیاهان بود. دامنه میزبانی و میزان علایم ایجاد شده توسط این سه جدایه متفاوت بود. با استفاده از آزمون TAS-ELISA و آنتیبادی مونوکلونال TSV (AP-696 DSMZ) هیچ تنوع سرولوژیکی مشاهده نشد. برای هر جدایه یک قطعه 747 نوکلئوتیدی با پرایمر اختصاصی ناحیه CP تکثیر شد. آنالیز توالی نوکلئوتیدی و اسید آمینه پروتئین پوششی این جدایه‌ها نشان داد که جدایه ایرانی و جدایه سودانی با هم در یک گروه قرار میگیرند و جدایه هندی با حدود 91% تشابه در گروه جداگانهای قرار میگیرد.
