فاطمه کشاورزی؛ رضا فرخی نژاد؛ مهدی مهرابی کوشکی
چکیده
اکالیپتوس (Eucalyptus sp..)، بارهنگ (Plantago sp. )، خارشتر (Alhagi sp..)، سهپستان (Cordia myxa)، شیرینبیان (Glycyrrhiza glabra)، شوید (Anethum graveolens)، رزماری (Rosmarinus officinalis) و هندوانه ابوجهل (Citrullus colocynthis) از گیاهان دارویی در مناطق مختلف استان خوزستان هستند که می‌توانند میزبان تعداد زیادی قارچهای بیماری‌زای و غیر بیماری‌زای گیاهی باشند. در این مطالعه درطول سال‌های ...
بیشتر
اکالیپتوس (Eucalyptus sp..)، بارهنگ (Plantago sp. )، خارشتر (Alhagi sp..)، سهپستان (Cordia myxa)، شیرینبیان (Glycyrrhiza glabra)، شوید (Anethum graveolens)، رزماری (Rosmarinus officinalis) و هندوانه ابوجهل (Citrullus colocynthis) از گیاهان دارویی در مناطق مختلف استان خوزستان هستند که می‌توانند میزبان تعداد زیادی قارچهای بیماری‌زای و غیر بیماری‌زای گیاهی باشند. در این مطالعه درطول سال‌های 98-1397، 30 نمونه از گیاهان دارویی فوق با علائم لکهبرگی، شانکر و نکروز ساقه جمع‌آوری و 23 جدایه از شش گونه در تیره Didymellaceae شناسایی شدند. ویژگی-های ریخت‌شناسی روی محیط کشت سیبزمینی - دکستروز- آگار (PDA) بررسی شد. برای شناسایی مولکولی، بخش‌هایی از ناحیههای ITS (بعضی جدایه‌ها)، tub2 (تمام جدایه‌ها) و rpb2 (بعضیجدایهها) با استفاده از آغازگرهای مناسب تکثیر و توالی‌یابی شدند. بر اساس تبارزایی مولکولی و ریخت‌شناسی، گونه‌های Allophoma labilis، Didymella glomerata، Epicoccum italicum، Neodidymelliopsis farokhinejad، Nothophoma raii و Xenodidymella glycyrrhizicola شناسایی شدند. براساس دانش ما، این اولین گزارش گونه‌های فوق روی میزبانهای ذکر شده و اولین ثبت از گونه‌های Epicoccum italicum و . N. raii برای میکوبیوتای ایران است.
مرضیه حاتمی؛ علی اصغر سراج؛ مهدی مهرابی کوشکی؛ معصومه ضیایی
چکیده
پروانه برگخوار چمن با نام علمی Spodoptera cilium (Guenee 1852) یکی از آفات چمن در فضای سبز مناطق جنوبی ایران و بسیاری از کشورهای جهان است. این تحقیق به منظور بررسی کارآیی دو سویه ایرانی قارچ Beauveria bassiana Vuill (Bals.) شامل IRAN440C و IRAN441C روی لاروهای S. cilium در شرایط آزمایشگاهی و مزرعه صورت گرفت. لاروها در دمای۱±۲۵ درجه سلسیوس، رطوبت نسبی ۵±۶۰ درصد و تناوب ...
بیشتر
پروانه برگخوار چمن با نام علمی Spodoptera cilium (Guenee 1852) یکی از آفات چمن در فضای سبز مناطق جنوبی ایران و بسیاری از کشورهای جهان است. این تحقیق به منظور بررسی کارآیی دو سویه ایرانی قارچ Beauveria bassiana Vuill (Bals.) شامل IRAN440C و IRAN441C روی لاروهای S. cilium در شرایط آزمایشگاهی و مزرعه صورت گرفت. لاروها در دمای۱±۲۵ درجه سلسیوس، رطوبت نسبی ۵±۶۰ درصد و تناوب نوری ۱۶:۸ ساعت روشنایی: تاریکی روی برگ چمن پرورش یافتند. اثر غلظت‌های مختلف دو سویه قارچ بر لارو های سن دوم و چهارم، با دو روش غوطه‌وری لاروها و آغشته‌سازی برگ چمن با سوسپانسیون اسپور انجام شد. نتایج نشان داد که در هر دو سن لاروی، درصد تلفات با افزایش غلظت اسپور، افزایش می‌یابد. بر اساس میزان تلفات ایجاد شده در دو مرحله، در هر دو روش، بیشترین درصد تلفات تجمعی (۱/۵۱ درصد) در غلظت ۱۰۶×۵ اسپور در میلی‌لیتر مشاهده شد. با افزایش غلظت سوسپانسیون کاهش معنی‌داری در مدت زمان لازم برای از بین بردن ۵۰ درصد جمعیت لاروها مشاهده شد. نتایج ما نشان داد که سویه IRAN440C قارچ B. bassiana در غلظت ۱۰۶×۵ اسپور در میلی‌لیتر موثرترین سویه از لحاظ زهرآگینی و ایجاد درصد تلفات بالا در جمعیت لاروهای برگخوار چمن شناخته شد. بنابراین، این سویه میتواند در برنامه‌های کنترلی کرم برگخوار چمن در فضای سبز شهری مورد استفاده قرار بگیرد.
زینب سنجابی فرد؛ حمید رجبی معماری؛ مهدی مهرابی کوشکی
چکیده
ویروس موزاییک نیشکر (SCMV) یکی از بیماری‌های مهم گیاه نیشکر است. در این پژوهش غربال‌گری بیماری ویروس موزاییک نیشکر در ارقام وارداتی و نمونه‌های موجود در داخل با روش‌های مولکولی مبتنی بر اسید نوکلئیک انجام شد. در سال زراعی 94-1393، نمونه‌های دارای علائم بیماری از 90 رقم مختلف مربوط به شش کشتخوان نیشکر جمع‌آوری و بخش‌هایی از پهنک آنها ...
بیشتر
ویروس موزاییک نیشکر (SCMV) یکی از بیماری‌های مهم گیاه نیشکر است. در این پژوهش غربال‌گری بیماری ویروس موزاییک نیشکر در ارقام وارداتی و نمونه‌های موجود در داخل با روش‌های مولکولی مبتنی بر اسید نوکلئیک انجام شد. در سال زراعی 94-1393، نمونه‌های دارای علائم بیماری از 90 رقم مختلف مربوط به شش کشتخوان نیشکر جمع‌آوری و بخش‌هایی از پهنک آنها جداسازی شدند. نمونه‌ها در شرایط سرمای خشک- انجمادی و در ازت مایع پودر شدند. آغازگر مناسب جهت تکثیر حدود 1040 جفت باز از ناحیۀ پروتئین پوششی و پروتئین NIb طراحی و با استفاده از روش RT-PCR تکثیرشد. از بین 90 نمونۀ موردبررسی، 10 نمونۀ نیشکر با تولید قطعات تکثیری موردانتظار آلوده به ویروس موزاییک نیشکر بودند. این نمونه‌ها مربوط به ارقام IRC99-06، V58-4 و Q58 از موسسۀ تحقیقات و آموزش توسعۀ جانبی نیشکر خوزستان، IRC99-09، IRC00-21 و 4380-3 از کشت و صنعت سلمان فارسی، CP80-1557 و V68-74 از کشت و صنعت امام خمینی و دو رقم نامشخص بودند. چهار نمونه از قطعات تکثیری به‌صورت دو جهته و مستقیم توالی‌یابی و در بانک ژن ذخیره شدند. جستجوی بلاست توالی‌های مربوط به چهار جدایۀ ردیابیشدۀ Kh40، Kh41، Kh44 و Kh28 نشان داد که این جدایه‌ها دارای بیشترین شباهت به جدایه‌های ایرانی و آرژانتینی هستند. درخت فیلوژنتیکی ترسیمی با استفاده از الگوریتم درست‌نمائی بیشینهنشان داد که جدایه‌های ایران احتمالاً از جمعیت‌های آرژانتین و چین منشأ گرفته‌اند.
مهدی مهرابی کوشکی؛ رضا فرخی نژاد
چکیده
در این پژوهش، 12 سویۀ بومی و 80 سویه از گونه‌های شناخته‌شدۀ سه جنس Allophoma،Didymella و Neodidymelliopsis گزینش شدند و در یک تجزیهوتحلیل تبارزایشی جهت همسنجی ناحیههای ژنی ITS، دومین D1 و D2 از زیرواحد بزرگ ژن ریبوزومی (D1/D2 LSU rDNA)، بتاتوبولین و RNA پلی‌مراز در جداسازی گونه‌ها استفاده شدند. ناحیههای ژنی سویه‌های بومی با به‌کارگیری DNA استخراج‌شده ...
بیشتر
در این پژوهش، 12 سویۀ بومی و 80 سویه از گونه‌های شناخته‌شدۀ سه جنس Allophoma،Didymella و Neodidymelliopsis گزینش شدند و در یک تجزیهوتحلیل تبارزایشی جهت همسنجی ناحیههای ژنی ITS، دومین D1 و D2 از زیرواحد بزرگ ژن ریبوزومی (D1/D2 LSU rDNA)، بتاتوبولین و RNA پلی‌مراز در جداسازی گونه‌ها استفاده شدند. ناحیههای ژنی سویه‌های بومی با به‌کارگیری DNA استخراج‌شده از زیست‌تودۀ میسیلیومی خشک‌انجمادی شده تکثیر و توالی‌یابی شدند. تجزیهوتحلیل تبارزایشی با به‌کارگیری الگوریتم درست‌نمائی بیشینه انجام شد. ناحیههای D1/D2 LSU rDNA، ITS، rpb2 و tub2 به ترتیب 0، 20، 43 و 46 گونه از 61 گونۀ مربوط به سه جنس موردبررسی را جداسازی کردند. در تجزیهوتحلیل تبارزایشی ترکیب ناحیههای ژنی، همۀ توالی‌های ترکیبی (ITS-tub2، ITS-rpb2، tub2-rpb2، ITS-tub2-rpb2 و ITS-28S-tub2-rpb2) توانستند، نزدیک به 49 گونه از 61 گونۀ موردبررسی را جدا کنند. نتیجهها نشان دادند که برای شناسایی و جداسازی دقیق گونه‌های Allophoma، Didymella و Neodidymelliopsis، توالی‌یابی و تجزیهوتحلیل تبارزایشی سه ناحیه ITS، tub2 و rpb2 در کنار بررسی‌های ریخت‌شناسی نیازین است. چنانچه به خاطر محدودیت‌های مالی یا زمانی در یک پژوهش، تنها تکثیر و توالی‌یابی یک ناحیه دلخواه باشد، ژنtub2 یا rpb2 بهترین نتایج را ارائه می‌کنند.
مهدی مهرابی کوشکی؛ مریم باورساد؛ رضا فرخی نژاد؛ مهدی جمشیدی؛ اشکان علی محمدی
چکیده
جنس Trichoderma قارچی تکنیائی است که بعضی از گونه‌های آن به‌عنوان عامل کنترل زیستی (بیوکنترل) شناخته میشوند. در این بررسی، یازده جدایه از هفت گونۀ Trichoderma شامل Trichoderma harzianum، T. capillare، T. pleuroticola، T. asperellum، T. koningiopsis،T. brevicompactum و T. virens برای بررسی ارتباط تبارزایی (فیلوژنتیکی) آنها با یکدیگر و با توالی گونه‌های مرجع ثبت‌شده در بانک ژن ...
بیشتر
جنس Trichoderma قارچی تکنیائی است که بعضی از گونه‌های آن به‌عنوان عامل کنترل زیستی (بیوکنترل) شناخته میشوند. در این بررسی، یازده جدایه از هفت گونۀ Trichoderma شامل Trichoderma harzianum، T. capillare، T. pleuroticola، T. asperellum، T. koningiopsis،T. brevicompactum و T. virens برای بررسی ارتباط تبارزایی (فیلوژنتیکی) آنها با یکدیگر و با توالی گونه‌های مرجع ثبت‌شده در بانک ژن و ISTH استفاده شد. تودۀ میسیلیومی رشدکرده در محیط PDB با استفاده از کاغذ صافی گردآوری و پس از خشک- انجماد کردن، DNA ژنگانی (ژنومی) آن استخراج شد. نواحی ITS-rDNA و اینترون 2، 3 و 4 از tef1α با استفاده از آغازگرهای عمومی و اختصاصی افزایش و توالی‌یابی شدند. بررسی تبارزایی با الگوریتم درست‌نمایی بیشینه و انتخاب مناسبترین مدل جانشینی نوکلئوتیدی با استفاده از نرمافزار MEGA 6 انجام شد. همۀ درختان تبارزایی حاصل، کلادهای معتبری برای بیشتر جدایه‌ها تولید کردند که ارتباط به نسبت یکسانی را از آنها نشان داد. در همۀ درختان تبارزایی به‌جز درخت مبتنی بر داده‌های حاصل از توالی‌یابی ناحیة ITS، جدایه‌هایT. koningiopsis و T. asperellum یک کلاد قاعدهای معتبر ایجاد کردند. نتیجۀ بررسی تبارزایی که بر پایۀ توالی نواحی مختلف tef1α، اینترون 2 و3، اینترون 4 و هر سه اینترون، برای گونه‌های T. brevicompactum، T.virens، T.koningiopsis و T.pleuroticola به دست آمد کلادهای معتبرتری نسبت به درخت حاصل از تجزیۀ توالی‌های ITS نشان داند. تجزیه و تحلیل درست‌نمایی بیشینه که بر پایۀ توالی اینترون 4 از tef1α انجام شد، کلادهای معتبری برای بیشتر جدایه‌های Trichoderma ازجمله T. asperellum ایجاد کرد. این نتایج تأیید میکند که تبارزایی مبتنی بر اینترون 4 از tef1α گروهبندی تبارزایی مناسبی برای گونه‌های تریکودرما فراهم میکند.
مهدی مهرابی کوشکی؛ حمید روحانی؛ عصمت مهدیخانی مقدم
چکیده
بعضی سویه‌های تریکودرما به عنوان عامل کنترل بیولوژیک علیه بیمارگرهای گیاهی استفاده شده‌اند. روش نمایش افتراقی تکثیر نسخههای معکوس mRNA (DDRT-PCR) استفاده شد تا ژنهای متمایز بیان‌شدة سویة T. harzianum T7 در طول مراحل کلونیزه‌شدن اسپرموسفر و سطح ریشه گوجه فرنگی ردیابی شود. تولیدات DDRT-PCR روی ژل آگارز تفکیک و 42 باند افتراقی برش خالصسازی، ...
بیشتر
بعضی سویه‌های تریکودرما به عنوان عامل کنترل بیولوژیک علیه بیمارگرهای گیاهی استفاده شده‌اند. روش نمایش افتراقی تکثیر نسخههای معکوس mRNA (DDRT-PCR) استفاده شد تا ژنهای متمایز بیان‌شدة سویة T. harzianum T7 در طول مراحل کلونیزه‌شدن اسپرموسفر و سطح ریشه گوجه فرنگی ردیابی شود. تولیدات DDRT-PCR روی ژل آگارز تفکیک و 42 باند افتراقی برش خالصسازی، همسانه سازی و توالی‌یابی شد. قطعه توالی های بیان‌شده به‌دست آمده با استفاده از جست‌وجوی BLAST2GO به پایگاه اطلاعات NCBI معرفی و نسبشناسی ژنی آنها بررسی شد. اغلب قطعه توالی‌های بیان‌شده مرتبط با پروتئینهای شناخته شده یا فرضی بود. این پروتئینها مرتبط با گروه های کارکردی مختلف بودند و عمدتاً در سوخت‌وساز، انتقال سیگنال درون و بین‌سلولی، برهم‌کنش با میزبان، انتقال پروتئین، ترجمة پروتئینها، کنترل رشد و بقای سلولی، عادت به تغییرات محیطی، انتقال مولکولهای زیستی بین هسته و سیتوپلاسم، تنظیم کارکرد پروتئینها، تقسیم سلولی، تسریع در واکنشهای آنالوگ، تعمیر مولکولهای آسیب‌دیده DNA و دیگر کارکردهای حیاتی در موجودات مختلف نقش داشتند. بعضی قطعه توالی‌های بیان‌شده ردیابی‌شده در این مطالعه مرتبط با ژنهایی بودند که آنزیمهای درگیر در تأمین غذایی تریکودرما را در زیستگاه‌شان کد می‌کنند.
